Zwar wird eine „Stoffstrombilanz“ eingeführt, die in ihrer Berechnungsmethodik auf der bisher als „Hoftorbilanz“ bezeichneten Bilanzierungsform basiert. Doch legen die Regelungen des Entwurfs Vorgehensweisen wie zum Beispiel Pauschalierungen fest, die ähnlich bereits praktiziert werden und sich fachlich nicht bewährt haben. Stattdessen sollte der Stickstoffüberschuss als betriebliche Gesamtbilanz einschließlich der gasförmigen Verluste ausgewiesen und bewertet werden. Nach Meinung der DWA fehlen Anreize für landwirtschaftliche Betriebe, gasförmige Verluste zu reduzieren. Gasförmige Verluste schlagen sich aber an anderer Stelle, in der Regel sogar in unmittelbarer Nähe des Emittenten, nieder und führen zu einem entsprechenden Eintrag auf der Fläche und damit auch zu einer Stickstoffbelastung der Gewässer. Weiter kritisiert die DWA die zu hohe Toleranz, die den Betrieben zugestanden wird: Laut dem Entwurf können 20 Prozent des abgegebenen Stickstoffs als „Messungenauigkeit“ auf den Kontrollwert aufgeschlagen werden. In Summe lehnt die DWA den Referentenentwurf in der vorliegenden Fassung ab und erwartet vom BMEL eine zeitnahe deutliche Überarbeitung im Interesse des Gewässerschutzes. Bei der Umsetzung der EU-Nitratrichtlinie in Deutschland sollte es nicht wieder zu Verzögerungen kommen.
Mit der Verordnung soll die gute fachliche Praxis des Umgangs mit Nährstoffen im Betrieb im Zusammenhang mit der Novellierung des Düngerechts konkretisiert werden. Landwirtschaftliche Betriebe sollen so zur Ermittlung der zugeführten und abgegebenen Nährstoffe (Wirtschaftsdünger und pflanzliche Erzeugnisse), zur Bilanzierung und der anschließenden Bewertung verpflichtet werden. Hintergrund ist unter anderem, dass die Europäische Union, aber auch Fachkreise, etwa die Wasserwirtschaft, seit längerem kritisieren, dass Deutschland zu wenig gegen Einträge von Nitrat in die Umwelt unternimmt. Die EU-Kommission hat deshalb ein Verfahren gegen Deutschland vor dem Europäischen Gerichtshof angestrengt.